Trung Quán Tông được chia làm hai bộ phái nhỏ:

1. Trung Quán Y Tự Khới do Thanh Biện khai sáng cho rằng Pháp giới có tự tính một cách tục đế.

2. Trung Quán Ứng Thành hay Quy Mậu Biện Chứng phái do Thánh Thiên, Phật Hộ, Nguyệt Xứng, và Tịch Thiên chủ trương. Họ cho rằng Pháp giới và Tâm giới trong cả tục đế lẫn chân đế đều không có tự tính. Họ cũng bác bỏ Quan điểm về sự tồn tại của thức tự tri (self cognizing). Trung Quán Ứng Thành sau này, phát triễn mạnh mẽ tại Tậy Tạng cho đến ngày nay.

Cả hai hệ phái này đều bác bỏ quan điểm của Duy thức về Tàng Thức và Mạt-na thức, cũng như là bác bỏ quan điểm Tam Tự Tánh của Duy thức tông